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肺腺癌预后相关坏死性凋亡基因标志物的构建及验证
罗亭 欧阳锦 余石群 曾凡凡 高丽云 黄邵鑫 汪鑫
南昌大学公共卫生学院江西省预防医学重点实验室 九江学院基础医学院精准预防医学实验室
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摘要 目的 构建肺腺癌(LUAD)预后相关坏死性凋亡基因标志物并对其进行评估。方法 KEGG数据库筛选坏死性凋亡相关基因(NRGs);TCGA和GEO数据库中分别下载LUAD样本和正常样本的RNA测序及其相应临床数据,并以TCGA数据集作为训练队列,以GEO数据集作为验证队列,对筛选的NRGs进行差异和功能富集分析;单因素Cox及Lasso Cox回归分析构建NRGs的LUAD预后标志物;采用Kaplan-Meier生存分析、timeROC分析、多因素Cox回归分析和临床列线图评估该预后标志物;以GEO数据集(GSE31210)外部验证该预后标志物。结果 筛选获得159个NRGs;在训练队列中鉴定出26个差异表达的NRGs(DENRGs);富集分析发现DENRGs主要参与坏死性凋亡和NOD样受体等信号通路;构建由6个NRGs(PLA2G4F、IL33、TLR4、RNF103.CHMP3、ALOX15、IL1A)组成的预后标志物;生存分析显示高风险组总体生存率(OS)明显低于低风险组(log-rank P<0.001);该预后标志物预测1年、3年和5年OS的AUC分别为0.672、0.631和0.624,且与LUAD患者OS显著相关(HR:2.30,95%CI:1.30~4.00,P<0.01);建立的列线图能较好地预测LUAD患者的生存;验证队列的分析结果与训练队列一致。结论 成功构建一种新的NRGs预后标志物,其可用于预测LUAD患者的预后,且该预后标志物的预测能力良好。
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罗亭 欧阳锦 余石群 曾凡凡 高丽云 黄邵鑫 汪鑫
关键词 肺腺癌坏死性凋亡预后标志物    
    
基金资助:国家自然科学基金(81360447); 江西省自然科学基金(20202BAB206067,20192ACB20019); 中国博士后科学基金项目(2019M652334);
引用本文:   
罗亭 欧阳锦 余石群 曾凡凡 高丽云 黄邵鑫 汪鑫. 肺腺癌预后相关坏死性凋亡基因标志物的构建及验证[J]. 南昌大学学报(医学版), 2022, 62(5): 1-.
链接本文:  
https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/     或     https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/Y2022/V62/I5/1
 

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