|
|
|
| 不同时期H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的特征比较 |
| 谭福燕； 乔乔； 王敏； 熊红叶； 余克花； 刘金辉 |
| 南昌大学公共卫生学院； 南昌大学抚州医学院； 南昌大学基础医学院微生物学教研室 |
|
| TAN Fu-yan;QIAO Qiao;WANG Min;XIONG Hong-ye;YU Ke-hua;LIU Jin-hui |
|
|
|
摘要 目的比较2007—2014年分离的H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白与分离于1934年的H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的差异性,以了解近几年流行的H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的变异特征。方法从Genebank的基因数据库中获取16株H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的核苷酸和氨基酸序列,采用在线软件SignalP4.1预测信号肽,运用Clustal X,Bioedit等国际通用软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸及氨基酸的同源性。在线软件Antheprot分析二级结构。结果 H1血凝素蛋白编码框架长约1701bp,编码含566个氨基酸组成的多肽。16株H1N1甲型流感病毒H1血凝素氨基酸同源性为92.4%~99.8%,核苷酸同源性为91.8%~99.6%。H1血凝素蛋白aa1-aa17区域为潜在信号肽,血凝素蛋白A1和A2裂解序列为位于aa324-aa330序列IQSR↓GLF。H1血凝素蛋白富含潜在α螺旋(25%~32%)、β折叠(27%~28%)和卷曲结构(23%~26%)等二级结构。2007—2014年的15株病毒的血凝素蛋白A1高变区位于羧基端aa278-aa321,有11个位点变异,变异率高达25%。参与二硫键形成的10个半胱氨酸位点未发生变异,3个受体结合区的氨基酸序列(PKTS、VLVLWAIHH和SRYSKKFK)比较保守,有2个序列出现毒力相关位点D222G突变。结论与1934年的H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白比较,2007—2014年间分离H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的重要功能结构域的序列仍保守稳定,但在某些位点出现较高频率的替代变异。
|
|
| 关键词 ：
H1N1甲型流感病毒,
血凝素蛋白,
生物信息学,
突变
|
|
|
| [1] |
梁志林； 王辉； 胡维； 刘志刚； 刘晓宇. 家蚕过敏原细胞视黄酸结合蛋白(CRABP)的克隆表达及生物学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(05): 15-. |
| [2] |
乔乔； 谭福燕； 熊红叶； 余克花； 刘金辉. 不同来源H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白生物学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(05): 24-. |
| [3] |
林建立； 巴金戈； 刘志刚； 杨平常； 刘晓宇. 粉尘螨过敏原Derf21的生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(03): 1-. |
| [4] |
周建英； 刘震天； 朱伟锋； . COLD-PCR/Sanger法检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR和KRAS基因突变的价值[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2015, 55(06): 38-. |
| [5] |
崔玉宝. 甲状腺癌相关基因表达及临床意义的研究进展[J]. 实用临床医学, 2015, 16(06): 94-. |
| [6] |
周立涛； 胡媛媛； 王春玲； 于亮； 朱家斌. 急性非淋巴细胞白血病患者p53基因突变观察[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2015, 55(04): 51-. |
| [7] |
夏方娜； 邹淑慧； 胡炜华； 李晓瑶； 余克花； 刘金辉. 不同基因型的丙型肝炎病毒E2蛋白生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2015, 55(04): 5-. |
| [8] |
徐亦熊； 李学明； 俞建平； . BRAF基因突变及Ki67蛋白表达与甲状腺乳头状癌的关系[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(10): 12-. |
| [9] |
李晓瑶；邹淑慧；夏方娜；杨小平；余克花；刘金辉； . 不同基因型丙型肝炎病毒E1、E2蛋白生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(07): 17-. |
| [10] |
米美玲； 邸文治； 毕青； 徐要选； 陈艳华； 郭连皓； 程鸿瑜； 宁爽. 沧州市非综合征性耳聋患者常见耳聋基因突变的分析[J]. 实用临床医学, 2014, 15(06): 91-. |
| [11] |
李浩； 高斌； 袁小强； 胡明； 刘成梅； 万茵； 付桂明. 不同米曲霉降解草甘膦能力及其甘氨酸氧化酶的生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（工科版）, 2014, 36(04): 328-. |
| [12] |
钟立鹏；姚敏；乐贞；黄春洪；. 基于Autodock和蛇PLIγ设计短肽sPLA2抑制剂[J]. 南昌大学学报（理科版）, 2013, 37(04): 401-. |
| [13] |
王园园；周艳；邹淑惠；刘金辉；. 乙型肝炎病毒基因组基本核心启动子变异分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2013, 53(03): 19-. |
| [14] |
周斌；杨玉；周红平；杨利；谢理玲； . 特发性矮小患者SHOX基因突变及人体测量学特征的分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2013, 53(03): 25-. |
| [15] |
张文夏；王恩礼；谢建生；钟春嫦；周颉；李欢；陈少君. 深圳地区当地与外来人员乳腺癌BRCA2基因突变的比较[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2012, 52(08): 20-. |
|
|
|
|
2016, Vol. 56 
