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| 不同基因型丙型肝炎病毒E1、E2蛋白生物信息学分析 |
| 李晓瑶；邹淑慧；夏方娜；杨小平；余克花；刘金辉； |
| 南昌大学公共卫生学院； 南昌大学医学院微生物学教研室； |
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| LI Xiao-yao;ZOU Shu-hui;XIA Fang-na;YANG Xiao-ping;YU Ke-hua;LIU Jin-hui; |
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摘要 目的对不同基因型的丙型肝炎病毒(HCV)的E1、E2蛋白进行生物信息学比较分析,以找出重要的生物信息学数据。方法从Gene Bank中获取不同基因型HCV的E1、E2蛋白核苷酸与氨基酸序列,运用DNA Star,ClustalX,Bio Edit等国际通用的软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性。在线软件TMHMM v2.0分析E1、E2蛋白跨膜区。AntheProt5.0软件分析二级结构。结果 E1氨基酸起始于aa 193—aa196和终止于aa 382—aa 383,E2蛋白氨基酸起始于aa 384和终止于aa 744—aa 754。不同基因型间E1、E2蛋白基因核苷酸同源性为59.7%~77.0%,氨基酸同源性为60.6%~82.8%。E1、E2蛋白存在3个跨膜区:E1存在2个跨膜区,位于aa 273—aa 293和aa 363—aa 383;E2蛋白存在1个跨膜区,位于aa 723—aa 744。二级结构分析发现不同型HCV E1、E2蛋白富含α螺旋(21%~30%),β折叠(26%~36%)和卷曲结构(43%~48%)。结论HCV E1、E2核苷酸和氨基酸序列表现为较大的异质性,其蛋白跨膜区富含α螺旋,胞外区以β折叠为主。
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| 关键词 ：
,
丙型肝炎病毒,
E1蛋白,
E2蛋白,
生物信息学,
蛋白结构
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| [1] |
俞林波. 《吕氏春秋》学术思想体系探析——兼评秦汉杂家学术思想体系[J]. 南昌大学学报(人文社会科学版), 2017, 48(02): 47-. |
| [2] |
梁志林； 王辉； 胡维； 刘志刚； 刘晓宇. 家蚕过敏原细胞视黄酸结合蛋白(CRABP)的克隆表达及生物学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(05): 15-. |
| [3] |
乔乔； 谭福燕； 熊红叶； 余克花； 刘金辉. 不同来源H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白生物学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(05): 24-. |
| [4] |
谭福燕； 乔乔； 王敏； 熊红叶； 余克花； 刘金辉. 不同时期H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的特征比较[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(05): 33-. |
| [5] |
林建立； 巴金戈； 刘志刚； 杨平常； 刘晓宇. 粉尘螨过敏原Derf21的生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(03): 1-. |
| [6] |
夏方娜； 邹淑慧； 胡炜华； 李晓瑶； 余克花； 刘金辉. 不同基因型的丙型肝炎病毒E2蛋白生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2015, 55(04): 5-. |
| [7] |
孙淑娟. “挖”“掘”的历时替换及其相关问题[J]. 南昌大学学报(人文社会科学版), 2015, 46(01): 156-. |
| [8] |
刘桂凤； 周玉珍； . 脑膜癌合并静脉窦血栓形成1例报告[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 105-. |
| [9] |
黄缘；王素琴；文艺；李军；邹文雄； . Ki-67、P53和CyclinD1在小肠间质瘤中的作用研究[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 11-. |
| [10] |
贺艳丽；王平；胡艳洁；杜雯；梁凯威；卢聪；李小青；黄士昂；郑金娥； . CCL23在成人急性髓系白血病中的表达研究[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 1-. |
| [11] |
杨海玉； . 吗啡对SH-SY5Y细胞中HSP70蛋白的调控作用[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 15-. |
| [12] |
游浩元；黄翠兰；刘承远；鲁小玲；黄亮； . 急性酒精中毒对家兔失血性休克炎症介质的影响[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 8-. |
| [13] |
郭灿；向江琳；邹中辉；章伟；郭宁； . 开腹与腹腔镜直肠癌根治术后炎性反应的比较[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 48-. |
| [14] |
江海亮；潘剑成；张宗明；林阳；杨文超；贺立新； . 15例Hangman骨折前路融合钛板固定分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 52-. |
| [15] |
廖希； 谢平； . 乌司他丁预处理对体外循环下心脏瓣膜置换术患者脑损伤的影响[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2014, 54(11): 56-. |
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2014, Vol. 54 
