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基于铁死亡相关基因构建心肌缺血-再灌注损伤的分子网络及其验证分析 |
徐聪聪 叶燕平 黄晓梅 |
南昌大学第二附属医院心血管内科 南昌医学院口腔医学院 南昌大学第二附属医院消化内科 |
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摘要 目的 探索心肌缺血-再灌注(I/R)损伤中铁死亡相关基因的表达及功能,通过构建分子网络及其验证分析,为心肌I/R损伤的治疗提供新的分子靶点。方法 对GSE108940数据库中的基因表达数据进行标准化处理,利用火山图和热图筛选差异表达基因(DEGs)。结合FerrDb数据库,进行交集分析以识别铁死亡相关的差异表达基因(DEFRGs)。通过聚类分析器R包对这些基因进行GO和KEGG功能富集分析。使用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Friends工具评估关键枢纽基因。通过GSE4105数据集和HL-1小鼠心肌细胞株缺氧-再氧化(OGD/R)模型,验证这些关键基因的表达变化。结果 基于GSE108940数据集,通过标准化处理后的基因芯片数据,识别出533个DEGs,包括312个上调和221个下调基因。进一步通过交集分析,与FerrDb数据库中的铁死亡相关基因对比,识别出23个DEFRGs,其中19个上调、4个下调基因。这些基因的功能富集分析涵盖多个关键生物过程,如铁离子运输、细胞内铁离子稳态等,并在多个细胞组成部分和分子功能层面显示其重要性。PPI网络揭示了20个基因节点之间的复杂相互作用,并确定了5个关键枢纽基因:Sqstm1(Sequestosome1)、转铁蛋白受体(Tfrc)、脂联素2(Lcn2)、细胞周期依赖性激酶抑制剂1A(Cdkn1a)和溶质载体家族40成员1(Slc40a1)。利用GSE4105数据集以及构建的HL-1小鼠心肌细胞株OGD/R模型,均显示这些关键基因在心肌I/R损伤模型中的表达变化。结论 本研究基于生物信息学方法构建了心肌I/R损伤相关的铁死亡分子网络,并通过实验初步验证了关键枢纽基因的作用,为未来心肌I/R损伤的治疗提供了潜在的靶点。
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关键词 :
心肌缺血-再灌注损伤,
铁死亡,
差异表达基因,
功能富集分析,
蛋白质相互作用网络
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基金资助: 江西省卫计委科技计划项目(20185214); |
[1] |
曾春艳 李俊 陈幼祥. 基于整合分析基因表达数据筛选急性胰腺炎中差异表达基因[J]. 南昌大学学报(医学版), 2024, 64(5): 81-. |
[2] |
危思思 唐小凯 潘亭玉 雷恩骏. 铁死亡相关基因ZFP36可作为糖尿病肾病的诊断标志基因[J]. 南昌大学学报(医学版), 2024, 64(4): 29-. |
[3] |
沙勤林洁胡晓清蒋晖. 依托咪酯对神经母细胞瘤细胞增殖、迁移、铁死亡和Nrf2/HO-1信号通路的影响[J]. 南昌大学学报(医学版), 2023, 63(1): 21-. |
[4] |
曾起 胡蓓娟 徐红琴 洪一江. 基于转录组分析不同温度下池蝶蚌性别相关基因的表达[J]. 南昌大学学报(理科版), 2021, 45(5): 502-. |
[5] |
姚豆 田首元 郭志佳 李贝 张晋毓. 铁死亡在阿尔茨海默病中的研究进展[J]. 南昌大学学报(医学版), 2021, 61(4): 89-. |
[6] |
周潇妮 付振华 张琦玲 陈敏杰 蔡丽萍. 基于整合组学探讨细胞周期相关基因在高级别浆液性卵巢癌发生发展中的作用[J]. 南昌大学学报(医学版), 2020, 60(3): 19-. |
[7] |
史浩;秦克旺;张磊;朱小春; . 基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选[J]. 南昌大学学报(医学版), 2014, 54(07): 1-. |
[8] |
尹华; 李美华; 曾春辉. 荧光定量PCR法检测牙釉质型颅咽管瘤组织ADAMDEC1、SCAPER、TRPM2、CGA和HBG2基因[J]. 实用临床医学, 2008, 9(06): 1-. |
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