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基于铁死亡相关基因构建心肌缺血-再灌注损伤的分子网络及其验证分析
徐聪聪 叶燕平 黄晓梅
南昌大学第二附属医院心血管内科 南昌医学院口腔医学院 南昌大学第二附属医院消化内科
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摘要 

目的 探索心肌缺血-再灌注(I/R)损伤中铁死亡相关基因的表达及功能,通过构建分子网络及其验证分析,为心肌I/R损伤的治疗提供新的分子靶点。方法 对GSE108940数据库中的基因表达数据进行标准化处理,利用火山图和热图筛选差异表达基因(DEGs)。结合FerrDb数据库,进行交集分析以识别铁死亡相关的差异表达基因(DEFRGs)。通过聚类分析器R包对这些基因进行GO和KEGG功能富集分析。使用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Friends工具评估关键枢纽基因。通过GSE4105数据集和HL-1小鼠心肌细胞株缺氧-再氧化(OGD/R)模型,验证这些关键基因的表达变化。结果 基于GSE108940数据集,通过标准化处理后的基因芯片数据,识别出533个DEGs,包括312个上调和221个下调基因。进一步通过交集分析,与FerrDb数据库中的铁死亡相关基因对比,识别出23个DEFRGs,其中19个上调、4个下调基因。这些基因的功能富集分析涵盖多个关键生物过程,如铁离子运输、细胞内铁离子稳态等,并在多个细胞组成部分和分子功能层面显示其重要性。PPI网络揭示了20个基因节点之间的复杂相互作用,并确定了5个关键枢纽基因:Sqstm1(Sequestosome1)、转铁蛋白受体(Tfrc)、脂联素2(Lcn2)、细胞周期依赖性激酶抑制剂1A(Cdkn1a)和溶质载体家族40成员1(Slc40a1)。利用GSE4105数据集以及构建的HL-1小鼠心肌细胞株OGD/R模型,均显示这些关键基因在心肌I/R损伤模型中的表达变化。结论 本研究基于生物信息学方法构建了心肌I/R损伤相关的铁死亡分子网络,并通过实验初步验证了关键枢纽基因的作用,为未来心肌I/R损伤的治疗提供了潜在的靶点。

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徐聪聪 叶燕平 黄晓梅
关键词 心肌缺血-再灌注损伤铁死亡差异表达基因功能富集分析蛋白质相互作用网络    
    
基金资助:

江西省卫计委科技计划项目(20185214);

引用本文:   
徐聪聪 叶燕平 黄晓梅. 基于铁死亡相关基因构建心肌缺血-再灌注损伤的分子网络及其验证分析[J]. 南昌大学学报(医学版), 2024, 64(6): 42-.
链接本文:  
https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/     或     https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/Y2024/V64/I6/42
 

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