基于多重生物信息学分析阿尔茨海默病的调控网络及相关机制

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摘要目的基于多重生物信息学方法，分析与阿尔茨海默病(AD)相关的信号通路、关键基因、microRNA(miRNA)、转录因子(TF)等生物学信息，构建相关调控网络，以期阐释AD的内在机制。方法根据纳入标准，从基因表达数据集(GEO)数据库中获取AD相关的高通量芯片数据集，并通过R软件对原始数据集进行预处理，应用limma数据包筛选差异表达基因(DEGs)。利用DOSE数据包对DEGs进行疾病本体(DO)富集分析，并通过可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对DEGs进行功能注释和通路分析；随后使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络并筛选出关键基因，使用mirTarBase等数据库预测相关miRNA,使用Enrichr数据库预测相关TF,并利用Cytoscape构建miRNA-TF-mRNA调控网络。结果获得数据集GSE48350和GSE132903并且筛选得到109个DEGs。DO富集分析显示DEGs主要与AD等神经系统疾病显著相关，基因本体(GO)功能富集结果包括化学突触传递等21项条目，京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果包括GABA能突触等8条信号通路。miRNA-TF-mRNA调控网络显示关键基因的mRNA与相关miRNA、TF之间具有一对多和多对一的复杂调控关系。结论文章通过多重生物信息学，分析了与AD相关的信号通路、关键基因、miRNA、以及TF等生物学信息，建立了AD调控网络，为进一步探究AD的发生、发展机制提供了借鉴与思考。

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	王维曹亦楠刘嘉莉赵晓东魏慧军魏明清马亚茹黄存生薛旭升

关键词 ：阿尔茨海默病, 多重生物信息学, 关键基因, 调控网络, miRNA, 转录因子

基金资助:国家科技重大专项(2017ZX09304019)；陕西省中医药管理局项目(2021-ZZ-LC008)；北京中医药大学孙思邈研究院项目(SSMYJY-2-2021-12)；

引用本文:

王维曹亦楠刘嘉莉赵晓东魏慧军魏明清马亚茹黄存生薛旭升. 基于多重生物信息学分析阿尔茨海默病的调控网络及相关机制[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2022, 62(3): 1-.

链接本文:

https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/ 或 https://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/Y2022/V62/I3/1