粉尘螨过敏原Derf21的生物信息学分析

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摘要目的运用生物信息学方法对粉尘螨过敏原Der f21特征进行分析。方法采用clustalw2进行同源性分析、MEGA5工具包构建系统进化树、ProtParam Tools预测其理化性质、KinasePhos软件预测磷酸化位点。采用PSIPRED预测其二级结构、SWISS-MODEL预测其三级结构。用DNAStar对Der f21的B细胞抗原表位进行预测。利用网络服务器IEDB内相关软件、Preprod、SYFPEITHI、NetMHCII 2.2Server和NetMHCII pan 3.0Sever对Der f21蛋白T细胞抗原表位进行预测。结果粉尘螨基因组测序发现本实验室克隆的Der f21基因与GenBank上公布的屋尘螨Der p21(GenBank:ABC73706.1)同源性为71%。系统进化树结果显示:粉尘螨与屋尘螨、棉兰皱皮螨、害嗜鳞螨亲缘关系比较近。磷酸化位点预测显示:Der f21含有1个丝氨酸激酶、1个苏氨酸激酶及1个酪氨酸激酶。二级结构及三级结构预测结果显示Der f21的结构主要以α螺旋为主。B细胞抗原表位预测得到5个肽序列(23~28、39~46、55~71、91~99、127~133)。T细胞抗原表位预测得到4个肽序列(8~17、72~80、83~91和118~126)。结论对粉尘螨过敏原Der f21的分子特征进行预测,为进一步研究尘螨过敏原的结构成分及其理化性质奠定理论基础。

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关键词 ：粉尘螨, Der f21, 生物信息学分析

基金资助:

国家自然科学基金(91442118,31400786);广东省科技计划社会发展项目(2013B03180002);广东省对外科技合作项目(2013B051000088);广东省公益研究与能力建设专项资金(2013B031800023);深圳市科技计划国际科技合作项目(GJHZ20130408174112021);深圳市科技计划基础研究项目(JCYJ20140828163633992)

引用本文:

林建立；巴金戈；刘志刚；杨平常；刘晓宇. 粉尘螨过敏原Derf21的生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2016, 56(03): 1-.
LIN Jian-li;BA Jin-ge;LIU Zhi-gang;YANG Ping-chang;LIU Xiao-yu. . , 2016, 56(03): 1-.

链接本文:

http://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/ 或 http://qks.ncu.edu.cn/Jwk_xbyxb/CN/Y2016/V56/I03/1