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| 基于多重生物信息学分析阿尔茨海默病的调控网络及相关机制 |
| 王维 曹亦楠 刘嘉莉 赵晓东 魏慧军 魏明清 马亚茹 黄存生 薛旭升 |
| 北京中医药大学孙思邈医院脑病科 北京中医药大学孙思邈医院脑病研究所 北京中医药大学东直门医院脑病科三区 北京广安睡眠科学研究院 |
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摘要 目的 基于多重生物信息学方法，分析与阿尔茨海默病(AD)相关的信号通路、关键基因、microRNA(miRNA)、转录因子(TF)等生物学信息，构建相关调控网络，以期阐释AD的内在机制。方法 根据纳入标准，从基因表达数据集(GEO)数据库中获取AD相关的高通量芯片数据集，并通过R软件对原始数据集进行预处理，应用limma数据包筛选差异表达基因(DEGs)。利用DOSE数据包对DEGs进行疾病本体(DO)富集分析，并通过可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对DEGs进行功能注释和通路分析；随后使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络并筛选出关键基因，使用mirTarBase等数据库预测相关miRNA,使用Enrichr数据库预测相关TF,并利用Cytoscape构建miRNA-TF-mRNA调控网络。结果 获得数据集GSE48350和GSE132903并且筛选得到109个DEGs。DO富集分析显示DEGs主要与AD等神经系统疾病显著相关，基因本体(GO)功能富集结果包括化学突触传递等21项条目，京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果包括GABA能突触等8条信号通路。miRNA-TF-mRNA调控网络显示关键基因的mRNA与相关miRNA、TF之间具有一对多和多对一的复杂调控关系。结论 文章通过多重生物信息学，分析了与AD相关的信号通路、关键基因、miRNA、以及TF等生物学信息，建立了AD调控网络，为进一步探究AD的发生、发展机制提供了借鉴与思考。
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| 关键词 ：
阿尔茨海默病,
多重生物信息学,
关键基因,
调控网络,
miRNA,
转录因子
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| 基金资助:国家科技重大专项(2017ZX09304019)； 陕西省中医药管理局项目(2021-ZZ-LC008)； 北京中医药大学孙思邈研究院项目(SSMYJY-2-2021-12)； |
| [1] |
卢明芬 付强 胡贞贞. 二甲双胍治疗慢性神经精神疾病的研究进展[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2022, 62(3): 68-. |
| [2] |
陈小珠 黄凤荣 刘运洪 刘淑军 谭钢文. 实时三维斑点追踪超声心动图联合miRNA检测对早期急性心肌梗死危险程度评估的价值[J]. 实用临床医学, 2021, 22(6): 58-. |
| [3] |
涂成城陶峰储斌陈红波. 子痫前期相关miR-23b-5p靶基因的预测及生物信息学分析[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2021, 61(4): 1-. |
| [4] |
姚豆 田首元 郭志佳 李贝 张晋毓. 铁死亡在阿尔茨海默病中的研究进展[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2021, 61(4): 89-. |
| [5] |
刘荣邵星星耿新普. HERG1在非小细胞肺癌中的表达及其对NF-κB信号通路的影响[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2021, 61(2): 52-. |
| [6] |
李亚洲 韩瑞旸 卫飞鹏. miR-885-3p抑制胃癌细胞的增殖和迁移[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2021, 61(1): 6-. |
| [7] |
李紫玲 李经堂. 转录因子Sp7/Osterix的研究进展[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2020, 60(6): 76-. |
| [8] |
左银龙周易黄珍谷陈兴华. Runx3对人骨肉瘤143B细胞增殖、迁移和侵袭的影响及机制[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2020, 60(5): 22-. |
| [9] |
冯兆海石鑫郝玉军成晓江. miRNA-19基因表达与大脑中动脉M1段狭窄程度及斑块易损性的相关性[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2020, 60(4): 32-. |
| [10] |
李云云周学亮. 基于Notch信号筛选调控心肌纤维化的miRNA[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2020, 60(3): 26-. |
| [11] |
邱家媛 徐建军 晏浩. 外泌体miRNA在心血管重构中的研究进展[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2020, 60(3): 93-. |
| [12] |
谢建芳 廖院平. 阿尔茨海默病照顾者照顾负担与虐待倾向的相关性[J]. 实用临床医学, 2020, 21(10): 89-. |
| [13] |
金鑫阴育红. 鼠神经生长因子治疗阿尔茨海默病的疗效[J]. 实用临床医学, 2019, 20(9): 11-. |
| [14] |
张晓洁陈志未李菲. microRNA在多发性骨髓瘤的诊断、预后和靶向治疗中的研究进展[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2019, 59(6): 79-. |
| [15] |
陆晓妹张明吕诚. 神经连接蛋白-1与突触可塑性及阿尔茨海默病的关系[J]. 南昌大学学报（医学版）, 2019, 59(5): 75-. |
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